区别及含义
CCI:
CCI（CTR Card Image）是指3ds游戏卡镜像文件，这是由玩家自己提取出来的游戏镜像文件。可以直接被模拟器执行，并可轻松实现游戏间热切换。CCI是社区规范后的命名扩展名。
CIA:
CIA（CTR Importable Archive）是指3ds游戏的数字安装包，可以通过专门的工具实现安装游戏到3ds实机中，有些模拟器也支持安装这类游戏格式。
CXI:
CXI（CTR Executable Image）是3ds游戏的可执行程序文件，也是3DS游戏ROM中的核心文件。一般都是被封装到CCI和CIA中，但模拟器也可以直接运行这类格式。
3DS:
3DS扩展名，其实上和CCI扩展名是同一类文件，是游戏镜像文件，属于早期时的格式扩展名，但在规范化命名后一般都使用CCI扩展名作为代替。但早期的3ds破解机可直接运行这个文件格式。部分3ds模拟器支持直接运行这个游戏扩展名。 .3ds 和 .cci 的相互转换可通过直接修改文件的扩展名，也就是重命名文件即可。（类似的有.n3ds，.bin，.rom；选用哪个扩展名取决于提取者或者提取工具的喜好和偏好）
注意：有新晋的开发者错误地将使用3ds格式引导为是一种“盗版的行为”，这是一种错误的引导。因为只要你不是正版渠道，你都是盗版行为。同时，这也是对.3ds这个扩展名的污名化。需要注意的是，早期的破解方式对于“.3ds”文件来说是“使用者”，是“后来者”，而不是“规范者”。
解密和转换
以上所有的文件扩展名或者文件格式都存在两种加密状态：已加密或已解密。
需要注意的是，3DS游戏的解密和格式转换都需要使用专门的工具，比如 3DSFormat工具。
但并不是所有的模拟器都支持已加密的游戏文件。
有些模拟器为了版权规避已经取消了对已加密的游戏的支持，这种作法也是变相地轻微地降低了模拟器的负担，所以模拟器用户建议使用已解密后的CCI游戏文件，游戏的更新补丁和游戏DLC包请使用已解密后的CIA文件。有的3DS模拟器手机端不支持直接安装CIA格式的DLC文件。